Die Quelle des längsten böhmischen Flusses, in der Nähe von der Staatsgrenze zu Deutschland, liegt in der Seehöhe von 1172m unter dem Schwarzen Berg. Das im Bayern gelegene zweite Quellgebiet mit der Benennung Altwasser bei Heidmühle, dessen der andere Quelllauf der Kalten Moldau entspringt, wird für den zweiten Moldauquellarm gehalten. Der Zusammenfluss beider Moldauarme befindet sich in der Reservation Mrtvý luh.